品種選育 按照食用菌品種選育技術規范，選育1個優良品種，一般需要至少3年，多數種類需要5~7年，需要高科技、高智慧、高投入。也正因為如此，植物新品種才成為國際承認的知識產權形式。多年來，我國廣大食用菌育種科學工作者選育出了相當數量的食用菌優良品種，但仍遠遠不能滿足產業發展的需要。調查表明，很多單位和個人所謂的“育種”多停留在互相引種，常規試驗比較篩選水平，經濟性狀優良的品種自行冠名，導致大量的同物異名，育種者利益得不到保證，生產使用菌種混亂。為了澄清菌種混亂，《管理辦法》要求境外引進菌種要送至中國農業微生物菌種保藏管理中心保存；選育的新品種可依法申請植物新品種權；鼓勵育種者申請品種認定；品種要有適當的名稱，具體的命名規范，將由農業部通過正式頒布《食用菌品種選育技術規范》標準來規范。其中明確規定了名稱除要符合《中華人民共和國植物新品種保護條例》外，還要體現食用菌的物種、表意清楚真實，不可夸大事實，不可引起歧義，總之品種名稱要體現品種的特性特點。
品種認定?品種認定是對品種經濟性狀的鑒定，對其利用價值的評價。根據我國國情，我國農作物品種實行審（認）定制度，這一制度有效推進了優良品種的選育和良種化進程。按照《種子法》和《管理辦法》，我國食用菌新品種實行自愿認定，為此成立了全國食用菌品種認定委員會，設立了辦公室（設在全國農技中心），起草了食用菌認定的相關系列文件，相關認定工作開始啟動。食用菌品種認定的程序為：申報→指定機構的特異性和經濟性狀測試→認定委員會認定→登記公告。食用菌品種認定工作的開展，必將有力促進我國食用菌菌種良種選育工作，促進菌種質量的提高，促進食用菌產業的發展。
菌種的繁育體系分級?根據食用菌菌種無性繁殖、生長快變異快的生物學特點，同時考慮到我國菌種生產規模小、生產分散、多數菌種場設備設施簡陋、技術水平低、菌種質量總體低下的實際情況，為了避免無限擴大繁殖導致菌種變異、保證菌種質量，《管理辦法》和相關技術標準規定，我國食用菌菌種為母種（一級種）、原種（二級種）、栽培種（三級種）繁育體系。所謂母種，是指選育得到的具有結實性的菌絲體純培養物及其繼代培養物，它是食用菌的出發種；所謂原種，則由母種移植、擴大培養而成；所謂栽培種，則又由原種移植、擴大培養而成，我們平時所吃的食用菌，是由栽培種作為生產用種接種生長而來。《管理辦法》對各級菌種場都有詳細的資質要求規定。
菌種生產技術的規范性要求為了增強《管理辦法》的可操作性，要求菌種生產和經營要符合農業部《食用菌菌種生產技術規程》（以下簡稱《規程》）的要求。根據《規程》，菌種生產的規范性技術要求包括技術人員、場地、廠房設置和布局、設備設施、使用品種和擴大繁殖、生產工藝流程、過程技術等。
